Die Isola di San Giovanni liegt im Lago Maggiore vor dem zu Verbania gehörigen Ort Pallanza und ist – abgesehen von der winzigen Scoglio della Malghera – die kleinste der Borromäischen Inseln. Sie gehört zur Gemeinde Verbania befindet sich etwas nördlich von den anderen Inseln der Gruppe, 30 Meter westlich des Ufers von Frazione Pallanza, einem Ortsteil von Verbania.